我国建成世界首个水稻基因索引数据库

2023-04-13 20:12 科技日报

科技日报武汉4月12日电 (蒋朝常 记者吴纯新)记者12日从华中农业大学获悉,该校张建伟教授课题组联合国内外高校与科研团队,以代表亚洲稻群体结构的高质量基因组为对象,构建并全面分析基因组倒位图谱,建成了世界上首个基于同源基因簇的水稻泛基因组综合数据库——水稻基因索引数据库。相关研究成果发表在《自然·通讯》与《分子植物》。

亚洲栽培稻是世界一半人口的主食。预计2060年至2070年,世界人口数量将增加到约100亿,科研人员迫切需要培育产量高、营养丰富、绿色环保和气候适应性更强的新品种。

张建伟介绍,全球有约500万份水稻种质及其野生近缘种,这些资源的基因组变异中(单核苷酸多态性、插入缺失、倒位和易位等)蕴藏着品种改良的重要信息,对其开展基于泛基因组的多组学研究具有重要意义。

水稻基因索引数据库可为每个水稻基因建立一张“综合图文信息卡片”,实现不同功能和常用数据库之间的快速链接,记录包括OGI、基因通用名、序列、功能、表达等基本信息,并以可交互示意图展示该基因转录本结构、可变剪接事件、同源关系网络图和系统发育树等。

该平台能为用户提供丰富的模块和工具,方便研究人员对不同种质基因以及基因同源关系进行查询、分析和可视化,为全球水稻研究学者提供免费在线检索和分析服务。研究人员可以通过关键词、序列、同源关系等3种方式在数据库中进行搜索,并在微观和宏观尺度对种质间基因组共线性进行分析和可视化研究。

责编:赵钰阳
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